Program Studi Magister Perbankan Syariah lahir dan beroperasi berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor 3577 Tahun 2017 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Perbankan Syariah pada Program Magister Universitas Islam Negeri Sumatera Utara pada tanggal 4 Juli 2017. Namun demikian Program Studi Magister Perbankan Syariah mulai beroperasi pada Tahun Akademik 2018/2019. Program Studi Magister Perbankan Syariah beroperasi di bawah Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam UIN Sumatera Utara.
Pengelola Program Studi Magister Perbankan Syariah Periode 2019-2020 adalah sebagai berikut:
Ketua Prodi : Dr. Sugianto, MA
Sekretaris Prodi : Dr. Muhammad Lathief Ilhamy Nasution, M.E.I